乾隆四十年(1775年)，澹归禅师的遗著被朝廷列为禁书，祸及别传禅寺，寺被改为十方常住，澹归弟子全被逐出别传寺，寺庙逐渐废毁。民国时期广东省长李汉魂先生曾拨款重修并立有重修碑文。经过十年浩劫，别传寺几乎损毁殆尽，只有残存于山门石壁上刻的大字“丹霞”、“至此心隐心”、“法海慈航”、“诞先登岸”、“禅林第一”、“红尘不到”、“赤城千仞”等。1982年，年逾古稀的本焕禅师（后任广州光孝寺住持）面对一片残墙断壁，不觉潸然泪下，立誓主持修复别传禅寺。经过多年努力，先后修建了大雄宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼、禅堂、僧舍、客房等，还新建了“别传寺开山澹归老和尚塔”。

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